2011년 10월 30일. 야소가미 고교의 축제 마지막 날, 야소가미 고교의 7대 불가사의에 등장하는 종소리가 갑자기 울려퍼지는 것과 동시에 이상한 시계탑이 학교 내에 나타난다.

한편 2009년 9월 20일, 태풍으로 축제가 취소된 이후 오랜만에 타르타로스에 모인 월광관 학원의 특별과외활동부 일원은 타르타로스를 뒤덮는 이상한 진동과 함께 시간과 공간을 뛰어넘어 자칭 특별수사대가 있는 야소가미 고교에 오게 된다.

이상한 야소가미 고등학교의 학생들과는 말이 통하지 않고, 어떤 방법으로도 빠져나갈 수 없으며, 교내에 미궁과 섀도우가 있다는 사실을 알게 된 주인공들은 기억을 잃은 젠과 레이를 만나게 되고, 함께 섀도우가 득실거리는 미궁을 조사하게 되는데...