신 세계수의 미궁 밀레니엄의 소녀

하이랜드 지방의 부족 「하이랜더」의 청년인 주인공은
어떤 의뢰를 받고, 에트리아의 거리로 가게 된다.
부탁받은 내용은 「에트리아 주변의 괴이를 조사해 달라」는 것이었다.
괴이의 조짐인 격렬한 지진과 수수께끼의 굉음을 따라
수수께끼의 유적을 탐색하게 된 주인공은
그곳에서 기억상실에 걸린 소녀 "프레드리카"와 만난다.
또 자신과 마찬가지로 괴이의 조사를 하러 온 미드가르드 도서관 조사대의 세 명.
사이먼, 아서, 라쿠나와도 만난 주인공은
유적과, 그 조사를 위해 필요한 세계수의 미궁 조사를 그 4명과 함께 진행하게 된다.
과연 괴이의 정체란?
...모든 열쇠는 소녀의 기억 속에 잠들어 있다...